细菌是细胞生命，病毒则是依赖宿主复制的遗传物质包裹。治疗策略因此截然不同。
细菌有细胞结构，可独立代谢与繁殖；病毒由核酸与蛋白外壳等组成，必须进入宿主细胞才能复制。抗生素针对细菌靶点，对病毒通常无效。
细菌感染可能局部化脓或释放毒素；病毒感染常劫持细胞机器，并可能整合或长期潜伏。有的疾病是两者协同，例如继发细菌性肺炎。
疫苗、抗病毒药、单抗与公共卫生措施是应对病毒的主要工具；细菌则还涉及培养鉴定与药敏试验。
把所有上呼吸道感染都当成“要消炎”会导致抗生素滥用。正确做法是识别病原类型，必要时做检测，再选择干预。